Bei der Verwendung von PHPMyAdmin hat man leider beim Einspielen größerer .sql Backups oft mit Restriktionen durch max_upload_filesize oder max_execution_time zu kämpfen.
Die einfache Lösung: Datei auf den Server übertragen und direkt über die Kommandozeile über den MySQL Client ausführen. Das geht ganz einfach wie folgt:
mysql -uBenutzername -pPasswort Datenbank < file.sql